Początki kościoła mogły sięgać XI-XII wieku. Pierwsza wzmianka o probostwie w Kozłowie pochodzi z 1279 roku – w dokumencie darowizny wsi Stanica cystersom z Rud Raciborskich jako świadek jest wymieniany proboszcz z Kozłowa, ks. Heinrich von Koslow. Pierwotny romański kościół to prezbiterium obecnego kościoła. Był zbudowany z kamienia polnego, a nad nim znajdowała się prawdopodobnie izba mieszkalna (kościół miał formę wieży obronnej z solidnymi przyporami, których fragmenty są wyraźnie widoczne). Z tych czasów pochodzi także znajdująca się w kościele kamienna chrzcielnica oraz kamienny mur otaczający
kościół. Wkoło kościoła znajdował się cmentarz. Obok kościoła stała dzwonnica, w której w 1414 (lub 1417) roku został zawieszony ważący około 600 kg dzwon Urban (obecnie, prawdopodobnie, najstarszy dzwon na Śląsku).
Od XV w. Kozłów był w rękach rodu Koslowskich – w ścianie kościoła wmurowana jest płyta nagrobna Piotra Koslowskiego z 1618 roku. W kościele znajdowała się również krypta, która jednak wraz z kamiennym sklepieniem prezbiterium zawaliła się na przełomie XVIII/XIX
wieku. W latach 1540-1545 kościół został powiększony, dobudowano część nawy głównej do wysokości obecnego bocznego wejścia, w którym można oglądać gotycki kamienny portal. Pod koniec XVI wieku kościół został przejęty przez protestantów. Katolicy gromadzili się na nabożeństwach w budynku plebanii. W XVIII wieku w Kozłowie ubywało protestantów, a kościół popadał w ruinę. Katolicy przejęli go na nowo pod koniec XIX wieku. Kościół był tak zniszczony, że nawet rozważano jego zburzenie i wybudowanie nowego. Przeważył jednak pogląd, żeby go odbudować. W 1904 roku naprawiono dach i kościół pokryto gontem. W 1924 roku podjęto decyzję o kapitalnym remoncie i powiększeniu kościoła. Połączono go ze stojącą na przedłużeniu kościoła dzwonnicą. W miejscu dzwonnicy rozpoczęto budowę wieży, która miała mieć wysokość 38 metrów. Niestety kryzys gospodarczy w latach 1926-1927 oraz budowa nowego kościoła w Brzezince sprawiły, że budowy wspomnianej wieży nie dokończono. Prowizorycznie zakończono ją drewnianą konstrukcją w oczekiwaniu „na lepsze” czasy. Wymieniono całą konstrukcję dachu, kościół pokryto dachówką. Sprowadzono z nieznanej parafii XVIII-wieczny ołtarz główny, w którym umieszczono obraz głównego patrona św. Mikołaja,Wnętrze kościoła ok 1904r dodając jako patronów drugorzędnych świętych apostołów Piotra i Pawła. Rozbudowany kościół konsekrowano w 1928 roku w uroczystość św. apostołów Piotra i Pawła. W okresie drugiej wojny światowej zdjęto z wieży dwa dzwony. Zabytkowy spiżowy dzwon jako nieprzydatny pozostawiono, dzięki temu nie podzielił losu tysięcy innych dzwonów z terenów Rzeszy i okupowanych terenów, przetopionych na potrzeby wojny. Kościół był obsługiwany przez księży z Brzezinki, którzy 26-27 stycznia 1945 roku zostali zamordowani przez wojska sowieckie. Po wojnie Kozłów został przyłączony do parafii Brzezinka, a kościół był formalnie filią parafii Brzezinka. W 1980 roku dekretem biskupa Alfonsa Nossola została na nowo erygowana parafia w Kozłowie pod wezwaniem św. Mikołaja.